李应祥，明湖广九溪卫（今属临澧县）人。由武生从军，以功晋升广西思恩参将。

神宗万历七年（1579）随湖广巡抚张任大征十寨，设三镇筑城列戌有功，升松潘（今四川松潘县）副总兵，留广西任职。旋以功迁五军营副将。

十三年，改南京左府事，出任四川总兵官。时，四川松茂一带少数民族首领列四十八寨，经常相率起事。历任督抚，征讨无效。十四年，四川巡抚徐元泰决计集兵征讨，应祥受命节制。各寨人数虽多，而遇急不能相救。加以大军集结，四面包围，河东、河西各寨皆受重创，旋平四十八寨。

同年，建昌、越隽诸卫酋领率众起事。徐元泰复征兵一万八千人，由应祥统率，进行征讨。至十五年七月，建昌、越隽‘诸番悉平。应祥以功晋升都督同知。后因冒领军，被御史傅需弹劾罢职二十七年，播州土司杨褫应龙起兵反。朝廷急调四川巡抚李化龙充四川、湖广、贵州三省总督，统兵征剿。贵州总兵官童元镇以玩忽职守罢去。化龙荐应祥代元镇任总兵，从征播州。事定，应祥还镇铜仁。二十九年（1601）改镇四川。后病卒于官邸。朝廷以平播州功赠左都督。